大棚栽培的辣椒死棵现象大多数以根腐病、疫霉根腐病、茎基腐病、枯萎病等为主，青枯病发生较少。要想减少或避免上述病害的发生，就要从苗子做起，做好预防工作。
一、选择无菌壮苗是关键
定植时如果主根或根尖有变褐色现象，“小老苗”等好不要用，应该选择主根和须根黄白色、根尖乳白色、根毛密生的健壮幼苗为佳。
二、选用良好的定植方式
应根据当地的土壤性质选择适宜的定植方式，如沙壤土选择畦栽为好；粘种土壤应选择半坡式栽培较好；定植深度以幼苗土陀和地面相平为佳。
三、要避免肥料伤根
菜农朋友虽说已经熟知蔬菜栽培施肥常识，但是往往在生长周期较长的茄科类栽培中，大量施用鸡粪，其施用鸡粪倘若腐熟不充分，便会在浇定植水后于土壤中发生二次发酵，并产生有害气体辣椒幼苗根系，导致感染病害。
四、将土壤进行处理
建议在幼苗定植前，将大棚土壤用征露（甲基硫菌灵）加福美双加可鲁巴三种药剂混合，每亩地各用1.5千克。具体操作：将上述药剂分两次使用，次将一半药剂施入定植沟内，第二次在幼苗培土时，均匀地将另一半撒在植株两侧。
五、合理浇水
多年生产经验证明，土壤水分过高是辣椒根部病害发生的根本因素，因此合理浇水也是防治病菌侵染的关键措施之一，因此笔者建议：次定植水一定要透，利于幼苗增生新根，缩短缓苗期；缓苗后浇水以棚内土壤见干见湿为准，严禁田间有积水现象；早春发现有零星病株时，一定注意不要大水漫灌，否则会有毁棚的可能；雨季一定严禁有雨水灌入棚内。
六、控制棚温也可有效防治根部病害大棚辣椒越冬栽培要尽量提高棚温和地温，越夏栽培一定要覆盖遮阳网，以降低光照强度，降低棚内温度和水分的蒸发量。
七、合理选择药剂防与治
建议菜农朋友从幼苗缓苗期便采取药剂预防，可选择土巴克三刹+禾斯碧喷雾。另外，多数菜农朋友喷药时只是将药液均匀的喷施在辣椒的叶片区，往往忽略了茎秆部位，而上述病害的发生恰恰就是在辣椒的茎基部，所以防治辣椒死棵喷药重点在植株茎基部。