西红柿根部病害主要分根腐病、疫病、茎基腐病和根系受伤。
1、根腐病：常见西红柿根腐病有三种，即疫霉根腐病、腐霉根腐病、镰孢菌根腐病，均属于土传病害。这三种根腐病从症状上不容易区分。在苗期就会发生，成株期的症状表现如上所述，另外轻微的根腐病还表现为底部叶片逐渐黄化，新生毛细根很少，植株生长弱，易早衰，产量低。这种情况很容易诊断为缺素症。根腐病提前预防为重要，当定植时，蘸盘（灌根）加喷窝（穴施）为简便易行有效。
2、疫病：西红柿的疫病是一个统称，苗期疫病、猝倒病、晚疫病、疫霉根腐病均属于同源同宗，即由卵菌纲疫霉菌所引起的病害。都能由土壤和水流传播，均属于土传病害。由疫霉菌引起的病害有明显的特点，即传播快、危害重、局部腐烂。
3、茎基腐病：西红柿茎基腐病和立枯病属于同一病原引起，即半知菌中的丝核菌，也就是说只要防治好立枯病，茎基腐病也是不会得的。茎基腐病的主要特征是，茎基部或根结出现褐色腐烂，严重时引起整株死亡。
4、根系受伤：生产上这一类的问题非常多，例如植株早衰、底部叶片黄化卷缩，长势弱，不发棵等。笔者认为属于这一类的问题，绝大多数归于根系受伤，如土壤盐渍化或自毒物质或肥害所致，缺肥缺素只是表面现象，如果根系发达，土肥良好，能发生黄叶和早衰现象吗？
防治措施：
1、使用上海侨基生物科技有限公司的土巴克1号进行土壤消毒，抑制土传病害诞生。
2、使用上海侨基生物科技有限公司的土巴克根部病害专用的组合套装能够解决西红柿的茎基腐病。
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